สำนักคณะกรรมการอาหารและยา แบ่งหน่วยงานควบคุมการขอ อย. ดังนี้

1. ศูนย์บริการผลิตภัณฑ์สุขภาพเบ็ดเสร็จ
2. อาหาร – กองควบคุมอาหาร
3. เครื่องสำอาง – กลุ่มควบคุมเครื่องสำอาง
4. เครื่องสำอางและวัตถุอันตราย – สำนักงานควบคุมเครื่องสำอางและวัตถุอันตราย
5. เครื่องมือแพทย์- กองควบคุมเครื่องมือแพทย์
6. ยา – กองควบคุมยา

อาหาร
ผลิตภัณฑ์อาหารที่ต้องขอ อย.
ผลิตภัณฑ์อาหารที่อยู่ในข่ายที่ต้องขออนุญาตขึ้นทะเบียน อย. ในการผลิตและจำหน่ายนั้น แบ่งออกเป็น 2 กลุ่ม ดังนี้

1. กลุ่มที่ผลิตได้โดยไม่ต้องขออนุญาตจาก อย. แบ่งออกเป็น 4 กลุ่มย่อย คือ
1. อาหารสดหรืออาหารแห้งที่ผู้ผลิต ผลิตขึ้นเองแล้วจำหน่ายกับผู้บริโภคโดยตรง ณ สถานที่ผลิต เช่น ผัก เนื้อสด ธัญพืชต่าง ๆ
2. อาหารสำเร็จรูปที่ผลิตแล้วยังไม่ได้บรรจุใส่ภาชนะ เมื่อจะจำหน่ายให้กับผู้บริโภคจะต้องตักแบ่งใส่ถุง จาน เช่น ข้าวราดแกง, ขนมไทย
3. กลุ่มอาหารที่ทำจากเนื้อสัตว์ที่จะต้องนำไปปรุงให้สุกก่อน เช่น กุนเชียง หมูยอ ลูกชิ้น แหนม  ปลาทู ปลาดิบ กุ้งแห้ง
4.  
2. กลุ่มผลิตภัณฑ์ที่ต้องขออนุญาตจาก อย. แบ่งออกเป็น 2 กลุ่มย่อย คือ

1. 2.1 กลุ่มผลิตภัณฑ์ที่ไม่ต้องส่งตัวอย่างเพื่อตรวจวิเคราะห์ เป็นกลุ่มอาหารพร้อมบริโภคซึ่งต้องขออนุญาตใช้ฉลากจาก อย. ได้แก่
2. กลุ่มอาหารที่ผลิตจากพืช เช่น ซีอิ้ว เต้าเจี้ยว ผลไม้ตากแห้ง ขนมอบกรอบ น้ำสลัด

2.2 กลุ่มอาหารที่ต้องส่งตัวอย่างเพื่อตรวจวิเคราะห์ และต้องขออนุญาตใช้ฉลากอาหาร ตามประกาศกระทรวงสาธารณสุข แบ่งเป็นกลุ่ม ๆ ดังนี้

1. กลุ่มผลิตภัณฑ์จากพืช เช่น น้ำผลไม้ ซอสมะเขือเทศ น้ำมันพืช การแฟคั่วสด น้ำส้มสายชู
2. กลุ่มผลิตภัณฑ์จากสัตว์ เช่น น้ำปลา เครื่องดื่มรังนก นม  ไข่เยี่ยวม้า
3.  กลุ่มอื่น ๆ เช่น น้ำดื่ม น้ำแข็ง

ค่าธรรมเนียมใบสำคัญเกี่ยวกับอาหาร

1. ใบอนุญาตนำหรือสั่งอาหารเข้ามาในราชอาณาจักร        ฉบับละ  15,000 บาท
2. ใบสำคัญการขึ้นทะเบียนตำรับอาหาร                         ฉบับละ    5,000 บาท

เครื่องสำอาง
ผลิตภัณฑ์เครื่องสำอางที่ต้องขอ อย.
เครื่องสำอางหมายถึง

1. วัตถุที่มุ่งหมายสำหรับใช้ทา ถู นวด โรย พ่น หยอด ใส่ อบ หรือ กระทำการใดต่อส่วนหนึ่งส่วนใดของร่างกาย เพื่อความสวยงาม ความสะอาด ตลอดทั้งเครื่องประทินผิว เพื่อส่งเสริมให้เกิดความสวยงาม
2. วัตถุที่มุ่งหมายสำหรับใช้เป็นส่วนผสมในการผลิตเครื่องสำอางโดยเฉพาะ
3. วัตถุอื่นที่กำหนดโดยกฏกระทรวงให้เป็รนเครื่องสำอาง

การยื่นจดเครื่องสำอางควบคุมต้องมีเอกสารประกอบดังนี้

1. ชื่อผู้ขออนุญาต
2. รหัสประจำตัวผู้ประกอบการ
3. ชื่อผลิตภัณฑ์ แบ่งออกเป็น 7 ประเภท
1. ผลิตภัณฑ์เดี่ยว
2. ผลิตภัณฑ์เดี่ยวชนิดเดียวกัน ที่มีส่วนประกอบและการใช้เหมือนกันแต่ต่างกันที่สี/กลิ่น เช่น แชมพู สบู่ สิปติก ดินสอเขียนคิ้ว
3. ผลิตภัณฑ์ชนิดเดียวกันที่ประกอบด้วยหลายหลายเฉดสีบรรจุอยู่ในถาดเดียวกันไม่สามารถแยกจำหน่ายได้ เช่น พริตตี้อายส์ เมคอัพเซ็ต
4. ผลิตภัณฑ์ต่างชนิดกันบรรจุในบรรจุภัฑณ์เดียวกันไม่สามารถแยกจำหน่ายได้ เช่น แชมพูผสมครีมนวดผม
5. ผลิตภัณฑ์ต่างชนิดกันบรรจุรวมกันเป็น 1 ชุดไม่สามารถแยกจำหน่ายได้ เช่น ชุดบำรุงเส้นผม ประกอบด้วย แชมพู ครีมนวดผล น้ำมันบำรุงเส้นผม
6. ผลิตภัณฑ์ชนิดเดียวกันบรรจุรวมกันเป็น 1 ชุดไม่สามารถแยกจำหน่ายได้ เช่น ชุดบำรุงเส้นผม ประกอบด้วย แชมพู ครีมนวดผล น้ำมันบำรุงเส้นผม
4. ประเภทเครื่องสำอาง
5. ชื่อผู้ผลิต
6. ประเทศผู้ผลิต